Для операции нам понадобится любой де/ре-компилятор. Я рассмотрю процедуру замены при помощи декомпилятора ResHacker версии 3.4.0.79 (наверняка есть более поздние версии, однако и эта со своими обязонностями справляется). Итак.
Шаг 1. File->Open... и выбираете файл
Шаг 2. Выбираем группу Icon\1\1033
Шаг 3. Жмём Action->Replace Icon...
Шаг 4. Open file with new icon...
Шаг 5. Указываем новую пиктограмму (можно указать и на другой экзешик - тогда будет выбрана его пиктограмма) Жмём Replace
Шаг 6. File->Save as... Указываем имя файла куда сохранить... Всё!
P.S. Иногда Windows не сразу перерисовывает пиктограмму экзешника на новую, поэтому файл выглядит по-старому, но это только видимость.